肝内胆管指位于肝脏内部的胆管系统，在肝脏内部成树枝状分布，有小逐渐变大，最后汇集成左右两支，分别叫左右肝管，这时胆管已走出肝脏，汇集秤肝总管，再同胆囊管汇合承胆总管。胆汁由肝脏细胞分泌后，经历上述管道系统进入十二指肠，然后再发挥其帮助消化的功能。肝内胆管结石是指结石分布在肝内胆管的某一分支内，也可分布在某一区域肝叶、肝段的胆管内，临床上发现左侧多于右侧。当肝内胆管的结石顺着胆管进入肝外胆管时就成为肝外胆管结石，所以肝内胆管结石常伴发肝外胆管结石。

肝内胆管结石常有患侧肝区和胸背部的持续性胀痛、发热和黄疽。如果胆管内发生化脓性炎症，变会出现发热、寒颤、败血症、休克。如果胆管内结石引起的梗阻不能及时解除，便会导致细菌及如肝脏，导致肝内脓肿。晚期还会因胆汁淤积在肝脏内，而发生肝硬化。 体检时常发现右上腹明显触痛和叩击痛。定位诊断可依靠B超、CT、PTC和ERCP。

手术治疗是肝内胆管结石的主要治疗方法，手术方法则可根据当时情况和结石所在部位进行选择，可采用切开胆管取石、胆管与肠道吻合引流、以及部分肝切除手术。

经口服的溶石或排石药物对结石的治疗作用有限，特别是在结石已发生梗阻胆管石，继续使用溶石药和排石药可能会延误病情。至于在手术中向胆管内注入各种结石溶剂的方法在临床中由于可能会导致各种并发症而较少采用。

有时在手术后仍保留了T管的情况下，发现胆管内仍有结石或是手术中发现结石位于肝脏内较深的部位，也可通过胆道镜在直视下用取石钳取石网篮等方法，清除胆石。